Vidinė pudendalinė arterija atsišakoja vidinę klubinę arteriją ir tiekia deguonies kiekį tiek vyrų, tiek moterų išoriniams lytiniams organams. Tačiau dėl lyties yra keletas anatominių skirtumų.
Moterims arterija paprastai būna mažesnė. Be to, kai kurios arterijos šakos yra būdingos lyčiai. Vyrams šios arterijos šakos apima varpos nugaros ir giliąją arteriją, o moterys turi klitorio nugaros ir giliąją arteriją. Moterys turi užpakalines labialines šakas, o vyrai - skroteles. Iš šios arterijos yra ir kitų genitalijoms būdingų indų.
Apatinės tiesiosios žarnos ir tarpvietės arterijos, išsišakojančios vidinę pudendalinę arteriją, yra vienodos abiejų lyčių atstovams.